Бабаев был застрелен 21 ноября 2007 года. Неизвестный выстрелил в политика четыре раза, когда тот заходил в подъезд своего дома. После этого Бабаев был доставлен в больницу, где скончался не приходя в сознание.
Главный подозреваемый Рахил Мамедризаев несколько раз менял свои показания. Сначала он утверждал, что заказчиком убийства был Абас Абасов - сын главы администрации Докузпаринского района Дагестана Керимхана Абасова. Потом он от этих слов отказался, однако позднее вновь повторил свои обвинения против Абасова.
По первоначальной версии следствия, мотивом убийства лидера дагестанского "Яблока" могла стать месть. Бабаев активно добивался привлечения Абасова-старшего к ответственности за расстрел мирной демонстрации, состоявшийся в 2006 году на территории
